Es el año 2061: Japón fue ocupado por varios estados. El mundo, incluida la península, se ha consolidado bajo el dominio de cuatro bloques comerciales. Todo el archipiélago es ahora el frente del conflicto. El pueblo japonés vive en un estado de constante ocupación y opresión con máquinas de guerra humanoides llamadas AMAIM que patrullan las calles.
Un niño introvertido llamado Amou Shiiba se encuentra por casualidad con la IA autónoma Gai. Después de adquirir un AMAIM llamado Kenbu, comienza su intento de retomar Japón. Gashin Tezuka, de 16 años, un miembro reacio de la resistencia japonesa que vuela el Fantasma AMAIM y quiere vengar a su padre, también es parte de la historia.
